在靶向检测中通过有国家认可证书的标准物质，样品上机与标准品比对，更准确的定性定量分析。非靶向检测没有具体的标准品参考，可利用面积归一化法进行半定量。
代谢物鉴定必须以可靠性为前提，采用国际标准、严格的假阳性率控制、定性准确率评估、对比国际顶尖实验室等方法，提高实验准确度。非靶向代谢通过对样品中所有离子峰的采集，最大程度的反映生命体外对外界刺激、病理生理变化、以及本身基因突变而产生的体内代谢水平的多元动态反应。目前我们主要用高分辨率的液质联用设备检测对数据进行分析。
在代谢组学数据中最为常见的标准化方法是基于QC(质量控制)样本的数据标准化。简单来说，就是将所要采集的所有样本取等量混合起来，组成QC样本，然后在采集数据的时候，每隔一定数量的样品，插入一针QC样本。因为QC样本都是一样的，因此可以用QC样本来模拟数据采集过程中信号的变化。得到数据之后，对每一个峰，都将QC作为训练集，然后建立预测模型，预测信号变化，从而对样品中的信号进行校正。现在一般都是基于QC样品作为数据标准化的首选方法。
与基因组学和蛋白质组学相比，代谢组学的研究侧重于相关特定组分的共性，最终是要涉及研究每一个代谢组分的共性、特性和规律，目前据此目标相距甚远。尽管充满了挑战，研究人员仍然坚信，与基因组学和蛋白质组学相比，代谢组学与生理学的联系更加紧密。 疾病导致机体病理生理过程变化， 最终引 起代谢产物发生相应的改变，通过对某些代谢产物进行分析，并与正常人的代谢产物比较，寻找疾病的生物标记物，将提供一种较好的疾病诊断方法。
代谢组学研究人员已经对此进行了研究。新生儿是否缺失酶基因可以在出生时就检测出来。可检测出包括涉及合成途径中的基本成分(如氨基酸)的酶。酶缺失的结果就是相应的代谢产物过少或过多。苯丙酮尿症(PKU)是一种常见的婴儿疾病。这种疾病是由于缺失将苯丙氨酸水解成酪氨酸所必须的苯丙氨酸水解酶基因，导致血液中苯丙氨酸累积造成的。若是不能及时检测出这种天生的代谢缺乏，在婴儿出生后九个月内就会引起无法挽救的大脑损伤。这种疾病通过简单的血样和尿素化验就可以确诊。而血样和尿素化验以后也将成为代谢指纹研究方法的一部分。像苯丙酮尿症那样的疾病，研究人员正试图从疾病的生物化学基础着手，而不是仅仅检测生物标记物。他们希望通过代谢组学，可以找到更好的方法去治疗这些疾病。
有专家表示“代谢组学还只是在初生阶段”，如果我们能够了解代谢产物的 5-10%就很幸运了。若是这样考虑的话，现实就是，我们对这些分子的作用仍然一无所知。但是，相信随着其方法的不断完善和优化，代谢组学研究必将成为人类更高效、准确地诊断疾病的一种有力手段。
