液相色谱的柱子通常分为正相柱和反相柱。正相柱大多以硅胶为柱，或是在硅胶表面键合-CN,-NH3等官能团的键合相硅胶柱;反相柱填料主要以硅胶为基质，在其表面键合非极性的十八烷基官能团(ODS)称为C18柱，其它常用的反相柱还有C8和苯基柱等。另外还有离子交换柱，聚合物填料柱等。
色谱柱在使用前，最好进行柱的性能测试，并将结果保存起来，作为今后评价柱性能变化的参考。在做柱性能测试时要按照色谱柱出厂报告中的条件进行(出厂测试所使用的条件是最佳条件)，只有这样，测得的结果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的样品、流动相、柱温等条件的差异而有所不同。
液相色谱柱的维护有：色谱柱的平衡、色谱柱的再生、色谱柱的维护。色谱柱的平衡反相色谱柱由出厂测试后是保存在乙腈/水中的。新柱应先使用10-20倍柱体积的甲醇或乙腈冲洗色谱柱。请一定确保您分析样品所使用的流动相和乙腈/水互溶。平衡开始时将流速缓慢地提高，用流动相平衡色谱柱直到获得稳定的基线(缓冲盐或离子对试剂流速如果较低，则需要较长的时间来平衡)。
如果使用的流动相中含有缓冲盐，应注意用纯水"过渡"即每天分析开始前必须先用纯水冲洗30分钟以上再用缓冲盐流动相平衡;分析结束后必须先用纯水冲洗30分钟以上除去缓冲盐之后再用甲醇冲洗30分钟保护柱子。换流动相时缓冲盐不要直接与纯有机相过渡，防止盐析堵塞柱子。
色谱柱的再生长期使用的色谱柱，往往柱效会下降(柱子的理论塔板数减低)。可以对色谱柱进行再生，选择再生方法：极性固定相(如Si，NH2 填料)的再生：正庚烷→氯仿→乙酸乙酯→丙酮→乙醇→水，非极性固定相(如反相色谱填料RP-18，RP-8，CN等)的再生：水→乙腈→氯仿(或异丙醇)→乙腈→水
在对NH2改性的色谱柱进行再生时，由于NH2可能以铵根离子的形式存在，因此应该在水洗后用0.1M的氨水冲洗，然后再用水冲洗至碱溶液完全流。0.05M稀硫酸可以用来清洗已污染的色谱柱，如果简单的用有机溶剂/水的处理不能够完全洗去硅胶表面吸附的杂质，在水洗后加用0.05M稀硫酸冲洗非常有效。
色谱柱的维护中使用预柱保护分析柱(硅胶在极性流动相/离子性流动相中有一定的溶解度)，大多数反相色谱柱的pH稳定范围是2-7.5，尽量不超过该色谱柱的pH范围。避免流动相组成及极性的剧烈变化，而且流动相使用前必须经脱气和过滤处理，如果使用极性或离子性的缓冲溶液作流动相，应在实验完毕柱子冲洗干净，并保存于甲醇或乙腈中。
