我国是微生物制药生产大国，产品以抗生素类药物、特别是原料药为主，总体而言产业处于全球价值链低端，在国际上处于追赶状态。“十一五”期间，国家将生物产业提升到产立国的高度，国家发展和改革委员会、科学技术部先后批准建立国家生物产业基地和火炬计划特色生物产业基地近40个，微生物药物产业进入加速发展阶段。在政策的连续支持和引导下，到2010年，形成了以长江三角洲、环渤海地区为发展核心，珠江三角洲、东北等区域集聚的生物医药产业空间格局。“十二五” 期间，生物产业被确立为国家第三大战略性新兴产业。各省市分别推进出台支持生物产业迅速发展的相关政策。在多种药物在华专利相继过期的背景下，政策红利持续体现，我国微生物药物产业实现了跨越式发展，基本形成环渤海、长江三角洲、粤港澳大湾区等三个大型生物医药集聚区。其中，长江三角洲地区基础研究和产业技术创新能力突出，国际交流程度高，拥有最多的跨国生物医药企业。环渤海地区教育和临床资源丰富，产业人力资源储备充足，产业链基础优势较强。粤港澳大湾区市场体系成熟，流通体系发达，三地联通，对外辐射能力较强。同时，东北，中部地区的河南、湖北，西部地区的四川等地在龙头企业的带领下也形成了区域特色快速发展的产业格局。
根据药物综合数据库(PDB)显示，我国抗生素总产量世界第一，在青霉素、链霉素和四环素等原料药生产上拥有绝对优势，新品种研发能力不断提高，已在数十个产品上打破了欧美技术和市场垄断，百余品种实现产业化， 形成了一批规模化的产业集团和完整的产业链。 行业在经历了一个低谷期后，作为医药市场的重点产品，刚性需求巨大，国内市场叠加国外市场，仍将推动抗生素市场规模持续增长。
1. β-内酰胺类
抗生素市场中 β-内酰胺类份额最大，既包括原料药，也包括中间体，其中头孢菌素和青霉素类分别占世界抗生素市场的25%和20%。20世纪80年代，我国青霉素工业快速发展，后因产能过剩进入低谷。近10年来，头孢类抗生素成为抗感染药物的主力品种，发展十分迅速，头孢孟多酯、头孢呋辛钠等新品种层出不穷，30余个头孢品种成为临床常用药。7-氨基头孢烷酸(7-ACA)、6- 氨基青霉烷酸(6-APA)和7-氨基去乙酰氧基头孢烷酸(7-ADCA)等作为头孢类药物阿莫西林的核心中间体，也是当今国际抗生素市场的主角。总体来看，行业产能过剩较为严重，行业壁垒逐渐增高，“限抗”“限排” 政策促进产能出清，龙头企业规模优势凸显，并正向下游发展。
2. 氨基糖苷类
氨基糖苷类抗生素是最早开发上市的抗生素之一，是作为治疗革兰氏阴性菌导致的严重感染的首选药物，在临床中有着不可替代的作用，如能有效抑制结核菌繁殖的链霉素，20世纪50年代初上市后很快就成为国际医药市场的畅销产品。 继链霉素及其衍生物之后，庆大霉素、新霉素、核糖霉素、卡那霉素、奈替米星、紫苏霉素、巴龙霉素以及我国自 主开发的小诺霉素和依替米星等近20种氨基糖苷类产品相继开发上市， 使氨基糖苷类成为抗生素家族成员最多的一类产品，但不可逆的耳肾毒性和日益严重的耐药性极大地限制了该类抗生素的应用和推广。为了进一步拓展氨基糖苷类抗生素的临床应用，寻找抗耐药、低毒性的衍生物已成为氨基糖苷类开发的重点。
3. 大环内酯类
大环内酯类目前主要有三代，第一代有红霉素及其酯类衍生物，第二代有阿奇霉素、克拉霉素和罗红霉素等，使用范围广，耐药性逐渐显现，第三代有泰利霉素、喹红霉素等，毒性作用偏大。我国是半合成红霉素原料药的世界最大生产国和出口国，由于该类药物缺乏新品的支撑，也受其他抗菌药物市场的不断冲击，近几年国际需求几近饱和。但大环内酯类药物在慢性呼吸疾病的抗菌治疗中仍有重要价值。
4. 四环素类
四环素类抗生素是一类具有菲烷母核的广谱抗生素，广泛应用于细菌、支原体、衣原体和立克次氏体引 起的感染。我国是全球最大的四环素生年我国四环素衍生物及其盐国内 供大于求，产量60%以上出口海外市场。随着耐药菌的不断出现、四环素牙等不良反应和新型抗生素的诞生，四环素类药物一度淡出临床应用。欧美对我国该类产品的进口需求虽大，实际用于产业链低端，被大量用作动物生长促进剂。2001—2003年，欧盟“禁止抗生素作为饲料添加剂”的法令出台，对我国药企出口造成了巨大影响。2005年辉瑞等公司研发了第三代四环素替加环素、依拉环素等新的畅销药品，带动了我国四环素原料药新一轮出口热。经过几轮波动，我国的万吨级四环素发酵基地主要位于西部地区。
新型病毒和疾病对人类健康带来巨大威胁。自人类1898年首次发现病毒以来，已发现病毒的种类达4000多种， 正在肆虐全球的新型冠状病毒更是持续给全人类带来重大的生命和财产损失。世界卫生组织表示，这是一个面临传染病威胁的时代，没有一个国家可独善其身。对病原体和传染病的研究要不断跟进，应对公共危机的疫苗和药物的研发更是刻不容缓，这就凸显构建大数据平台的重要作用。
设立微生物医药产业发展专项科技研发基金，增加科技投入，加强科技基础平台建设。组织国际领先的、融合型微生物相关的大科学装置，构建微生物菌种库、基因和蛋白质信息库、生物靶标库、化合物库、合成生物技术元件库等多层级共享模式的各类资源平台，打造资源共享服务体系，重点支持微生物菌种库等基础设施以及生物医学资源基础设施的建设，建成大数据深度融合、产业应用深化的数据库云平台，具备智能分析能力的生物预测和设计能力，以大科学装置拉动创新生态，实现微生物健康产业的弯道超车。
