无论是气相色谱质谱仪，还是液相色谱质谱仪都是依靠色谱柱分离技术，把目标物和杂质分开，依次从色谱柱流出至检测器，最终得到色谱图。所以色谱柱的选择对我们来说至关重要。
对于气相色谱来说，现在用的最多是毛细管柱，根据柱内填料即我们所说的固定相不同，可分为非极性、中等级性、极性。比如我们在分析极性化合物时选择聚乙二醇为固定相的色谱柱，即通常说的WAX固定相。色谱柱规格中柱长、内径、膜厚，这些都是影响色谱出峰的因素。一般柱长越长、内径小可得到较好的分离度。
图一 氨基酸分析色谱图
毛细管色谱柱的固定液分非极性、弱极性、中等极性和强极性,色谱柱固定液的极性越高,其温度使用上限越低，随柱温的升高固定液流失程度也越大,选择固定液的原则一般是能用极性低的则尽量不选用极性高的;柱长则能用短柱解决的就不用长柱;柱子极性和测定目标化合物极性相匹配。
液相色谱柱是微粒填料表面键合相，不同填料适应不同化合物的检测。以硅胶为基质，通过化学键合方式把C18、C8、NH2等基团联在基质上作为固定相。其优点是优点固定相稳定，不易流失、应用广泛，可使用多种溶剂、消除硅羟基的不良影响。但是pH值不能小于2(键合相水解)，同样填料各种牌号色谱柱也不尽相同。需要注意的是，pH值的大小也对色谱柱有关键的影响，pH值小于2时键合相水解，pH值大于8时硅胶溶解，所以选择流动相时也要注意其pH值的大小。
目前C18色谱柱应用比较广泛，其分离度同样会受到柱长、填料等因素的影响。液相色谱柱的使用保存，对其寿命也有影响，需注意流动相有缓冲盐时，要用低比例的有机相冲洗色谱柱过渡，避免盐系流动相与纯有机相直接接触。再用有机溶剂冲洗并保存色谱柱。
因此，分析过程会受很多因素影响，选择合适的色谱柱，才能达到理想的结果，也是我们分析过程中需注意的一个重要环节。
